24 июля 1937 года чекисты явились в маленький домик в 1 проезде Воровского, произвели обыск и арестовали святителя Луку.

24 июля 1937 года чекисты явились в маленький домик в 1 проезде Воровского, произвели обыск и арестовали святителя Луку. На следующий день следователь уже вел допрос. В архиве УКГБ Узбекской ССР сохранилось следственное дело епископа Луки.

На одной из его страниц есть фотографии: седовласый шестидесятилетний старец с окладистой бородой сфотографирован в профиль и анфас; на другой - тот же старец, с коротко остриженной головой, без бороды и усов, с печатью страданий на лице.

Вместе с Войно-Ясенецким по этому делу были арестованы еще несколько священнослужителей, среди них - протоиерей Михаил Андреев. Все они обвинялись в создании «контрреволюционной церковно-монашеской организации», ставящей своей целью свержение существующего строя и возврат к капитализму. Но самым страшным было обвинение в шпионаже в пользу иностранной разведки. К этому не
постеснялись добавить и обвинение владыки в убийстве больных на операционном столе. Старший лейтенант Лацис называл заслуженного профессора «хирургом-вредителем».

В тюрьме владыку допрашивают конвейером (13 суток без сна), с требованием подписать протоколы. Он объявляет голодовку (18 суток), протоколов не подписывает. Позже святитель напишет в «Мемуарах»: этот страшный конвейер продолжался непрерывно день и ночь.
Допрашивавшие чекисты сменяли друг друга, а допрашиваемому не давали спать ни днем, ни ночью. Я опять начал голодовку протеста и голодал много дней. Несмотря на это, меня заставляли стоять в углу, но я скоро падал от истощения.

У меня начались ярко выраженные зрительные и тактильные галлюцинации. То мне казалось, что по комнате бегают желтые цыплята, и я ловил их. То я видел себя стоящим на краю огромной впадины, в которой был расположен целый город. ярко освещенный электрическими фонарями. Я ясно чувствовал, что под рубахой на моей спине шевелится змей.

От меня неуклонно требовали признания в шпионаже, но в ответ я только просил указать, в пользу какого государства я шпионил. На это ответить они, конечно, не могли. Допрос конвейером продолжался тринадцать суток, и не раз меня водили под водопроводный кран, из-под которого обливали мне голову холодной водой.

Не видя конца этому допросу, я надумал напугать чекистов. Сказал, что подпишу все, что они хотят, кроме покушения на убийство Сталина. Заявил о прекращении голодовки и просил прислать мне обед. Я предполагал перерезать себе височную артерию. Чтобы спугнуть чекистов. Для остановки кровотечения меня пришлось бы отвезти в больницу. Это вызвало бы большой скандал в Ташкенте. Но нож был туп и кожу разрезать не смог. Чекист вырвал нож, и меня возвратили в подвал ГПУ.
Я был совершенно обессилен голодовкой и конвейером, и когда нас выпустили в уборную, я упал в обморок на грязный и мокрый пол. В камеру меня принесли на руках.

На другой день меня перевезли в центральную областную тюрьму. В ней я пробыл около восьми месяцев в очень тяжелых условиях. Нас кормили крайне плохо. До сих пор помню обед в праздник Благовещения Пресвятой Богородицы, состоявший из большого чана горячей воды, в которой было разболтано очень немного гречневой крупы. Допросы были прерваны, владыку поместили в тюремную больницу…
Своего чекисты не добились, Владыка ничего не подписал.