При святителе Иустине значительно оживилась просветительская и миссионерская деятельность местного братства.

При святителе Иустине значительно оживилась просветительская и миссионерская деятельность местного братства. В 1895 г. состоялось грандиозное празднование 800-летнего юбилея г. Рязани и 600-летия со дня преставления свт. Василия Рязанского. По инициативе св.Иустина отремонтирован и освящен незадолго до юбилея Архангельский кафедральный собор. Написана величественная икона свт. Василия, а на его могиле был обновлен памятник. Восстановил владыка и празднование св. кн. мч. Роману Рязанскому. Написанные и выправленные святителем Иустином службы, акафист, молитвы свт. Василию и кн. Роману были им позже переданы в библиотеку кафедрального собора Рязанского кремля и употребляются при богослужении доныне.

14 октября 1896 г., на праздник Покрова Пресвятой Богородицы, святитель Иустин был назначен епископом Уфимским и Мензелинским, 14 нояб. прибыл в Уфу. Как писал епископ Иустин в своих записках,

«был вырван из резкой Рязани и пересажен в спокойную Уфу».

Как и в Тобольске, одним из первых его деяний на новой кафедре стало учреждение епархиального братства в честь Воскресения Христова при кафедральном соборе. Братство имело миссионерское, просветительское и попечительское направления. В 1897 г. братство открыло в Уфе 3-годичный класс подготовки псаломщиков по составленной епископом Иустином программе «Общего обучения в псаломщицком классе». Обучение было так организовано, что способные выпускники, после сдачи экзамена, могли поступать учителями в церковноприходские школы и школы грамоты. Заботами святителя в Уфимской епархии было открыто около 20 приходских школ. В июне-июле 1898 г., в соответствии с распоряжением Синода, он устроил в Уфе первые краткосрочные педагогические курсы для учителей и учительниц церковноприходских школ.

Вскоре по прибытии на Уфимскую кафедру владыка освятил после реконструкции Петропавловскую ц. тюремного замка, а также утвердил кандидатуры священника и псаломщика, которым надлежало совершать службы в воскресные и праздничные дни и заботиться о духовно-нравственных нуждах заключенных.

В 1897 г. состоялось освящение церкви во имя свт. Николая Чудотворца при уфимском железнодорожном вокзале. Вообще, во всех местах своего служения Иустин был неутомимым строителем и благоустроителем: возводил новые храмы, благоустраивал монастыри и архиерейские дома, разводил сады, открывал типографии, учреждал епархиальные братства, способствовал открытию новых школ, подготовке преподавателей.

Большое внимание уделял устроению монашеской жизни в епархии. В 1897 г. Началось возрождение уфимского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря, находившегося до того в полном упадке: было построено новое, каменное здание монастырского комплекса, восстановлена разрушенная ограда, а из Москвы привезен колокол весом 300 пудов. В 1898г. открыт Покровский женский монастырь в Стерлитамакском уезде. О трудах своих храмоздательских он писал:

«Не явное ли это доказательство, что сила Божия в немощи совершается. Что я за строитель? А вот что сделано при моем посредстве. Слава тебе Господи! Записано не для хвастовства и тщеславия, а для утешения в моей страннической жизни и для успокоения, что она прошла не бесследно, по крайне мере во внешнем отношении, а внутренняя моя – Бог весть. В Уфе живется мне пока тихо и спокойно, как будто на самом деле на покое. Слава тебе, Господи! Снова убеждаюсь, что Бог, что не делает – делает к лучшему. Уфимское солнце как-то особенно светло и приятно светит».

В 1899 г. святитель Иустин открыл при Уфимском епархиальном училищном совете и его уездных отделениях — Мензелинском, Белебеевском и Бирском — временные Попечительные комитеты для сбора пожертвований на устройство при церковных школах епархии бесплатных столовых для учащихся в местностях, пострадавших от неурожая хлеба. Эти средства были использованы также на приобретение для учащихся одежды и обуви, на выдачу денежных пособий нуждающимся учителям в тех же школах и на отопление школьных зданий.