Новым испытанием для Кренкеля стала катастрофа на пароходе «Челюскин».
В 1936 году Э.Т. Кренкеля назначили начальником полярной станции «Мыс Оловянный» на Северной Земле. В 1937 г. началась научная экспедиция на дрейфующей станции Северный полюс-1. 21 мая 1937 г. из бомбардировщика ТБ-3 на льдину в районе Северного полюса вышли начальник станции Иван Папанин, гидробиолог Петр Ширшов, метеоролог и геофизик Евгений Федоров и радист Эрнст Кренкель с двумя передатчиками. Он соорудил для своей техники ледяной дом и накрыл его тормозным парашютом, оторвавшимся от самолета. Жилую палатку для полярников изготовили на заводе «Каучук», стены ее были набиты лебяжьим пухом. После 274 дней дрейфа льдину с полярниками, проплывшую более 2 000 км вынесло в Гренландское море. 19 февраля 1938 года практически в последний момент перед разрушением льдины за полярниками пришли пароходы «Таймыр» и «Мурман». Все полученные в экспедиции данные оказались невероятно полезными для судоходства.
После начала Великой Отечественной Эрнсту Теодоровичу довелось руководить эвакуацией Арктического института и семей полярников вглубь страны. С 1942 года он отвечал за надежность радиосвязи на маршруте «Алсиб». По нему с октября 1942-го по октябрь 1945-го осуществляли перегон американских ленд-лизовских самолетов с Аляски в Красноярск. Также он возглавлял работу всех советских полярных станций, метеосводки с которых имели большое значение при перемещении 78 морских караванов, доставлявших ленд-лизовские грузы в Архангельск и Мурманск.
Массовое производство коротковолновых передатчиков, получившее развитие в довоенный период благодаря Кренкелю, спасло армию и партизанские отряды.
В 1938 г. Уфимский городской избирательный округ избрал Эрнста Теодоровича Кренкеля своим депутатом в Верховный Совет СССР. Об этом появилось сообщения, в том числе в журнале «Советская Арктика».
В апреля 1938 г. знаменитый полярный радист, Герой Советского Союза приехал в Уфу на встречу со своими избирателями. Это было огромным и незабываемым событием. На многих железнодорожных станция по пути следования, в других населенных пунктах Башкирской АССР на многолюдных митингах Кренкеля встречали с искренним энтузиазмом. В газете "Красная Башкирия" появились заметки и репортажи. В последствии Эрнст Теодорович кроме депутатской работы, поддерживал уфимских радиолюбителей, уфимских филателистов. Есть сведения, что семья Кренкеля жила в Уфе в эвакуации во время Великой отечественной войны.
В начале 2025 г. во время проведения в Музее полярников им. В.И. Альбанова этапа первого Республиканского конкурса «Лучший учитель географии", организованного региональным отделением Русского географического общества в Республике Башкортостан, музею был передан ценный подарок. Активист РГО, доцент Кафедры экологии, географии и природопользования БГПУ им. М. Акмуллы, друг и постоянный партнер Музея Альбанова – Галия Рафаиловна Гильманова передала музею подлинную открытку 1938 года с изображением легендарного полярного радиста, исследователя Арктики, Героя Советского союза, депутата Верховного Совета СССР от города Уфы – Эрнста Теодоровича Кренкеля. Этот уникальный экспонат пополнил фонды Музея полярников им. В.И. Альбанова.
Экспонат. Почтовая карточка. Эрнст Теодорович Кренкель Депутат Верховного Совета СССР. Фото М.Наппельбаум. Фототипия Изогиза, Москва, 1938 год.
Бумага. Размер – 10,7 × 14,8 см.