Нацпроекты пока не получили приоритетной роли в новом механизме управления государственными капвложениями.
Однако, как и прежде ФАИП, сегодня РОКС недостаточно встроен в систему проектной деятельности Правительства. Порядок формирования и ведения реестра не в полной мере обеспечивает приоритетность направления средств федерального бюджета на реализацию национальных целей. При внесении объектов в РОКС по-прежнему пересекаются данные с перечнем объектов, предусмотренным госпрограммой «Строительство». Из-за разных процедур внесения изменений в реестр и перечень ежегодное расхождение по объёмам финансирования превышает 20 %.
При этом новый механизм принёс и собственные недостатки. Минстрой получил право в упрощённом порядке, без установленных критериев и определения минимального набора документов, включать в РОКС укрупнённые инвестиционные проекты без ограничения по объёму финансирования. Это позволяет резервировать значительные объёмы бюджетных ассигнований — порядка 20 % финансирования объектов капитального строительства.
Система, которую ведёт Минстрой, не обеспечивает пользователей полноценной, достоверной и своевременной информацией, необходимой для принятия управленческих решений. Среди причин названы отсутствие верификации сведений, которые вносят главные распорядители средств федерального бюджета, отсутствие ответственности за достоверность информации и низкая степень автоматизации процесса внесения данных и подтверждающих документов.
В качестве мер по исправлению ситуации Счётная палата предложила наделить Минстрой полномочиями по контролю за формированием и ведением РОКС, обеспечить приоритетное включение в реестр объектов, реализуемых в рамках национальных проектов, включать объекты только после их внесения в схемы территориального планирования, а также исключить право Минстроя резервировать средства федерального бюджета по позиции «Укрупнённый инвестиционный проект».