Особая страница в истории газеты — ее деятельность в годы Великой Отечественной войны.
С первых дней войны газета призывала своих читателей быть достойными великого подвига отцов и братьев, героически сражавшихся с фашистскими захватчиками.
«Все для фронта, все для победы!»
— этот клич «Пионерки» подхватили тысячи пионерских дружин по всей стране.
Со страниц газеты не сходила военная тематика. «Пионерка» рассказывала, как мальчишки и девчонки помогают семьям фронтовиков, дежурят на крышах домов во время воздушных налетов, работают в госпиталях и на колхозных полях, собирают металлолом и лекарственные травы. Печатались инструкции по противовоздушной и противохимической обороне, оказанию первой медпомощи, борьбе с зажигательными бомбами.
Она писала о детях, ушедших в партизаны, в подполье, к которым нередко присоединялись целые пионерские отряды. Нередко газетные полосы украшали портреты пионеров-героев, отмеченных самыми высокими правительственными наградами. Рассказы об их подвигах помогали тысячам мальчишек и девчонок военной поры стойко переносить все тяготы войны, верить в нашу победу.
Настоящим другом для осиротевших детей газета стала в 1942 году, когда выступила инициатором создания школьных «артелей» — объединений, которые брали на себя заботу о сверстниках, потерявших родных на фронте. Юные «артельщики» помогали собирать средства на содержание детдомов, ремонтировали здания, шили и вязали для детей-сирот, организовывали для них подсобные хозяйства.
Постоянным лейтмотивом публикаций военных лет — был призыв к ребятам хорошо учиться.
«Каждая пятерка — снаряд по врагу»
, «Упорной учебой поможем бойцам громить врага»
«Будь готов к великим делам, овладевай науками!»
— с такими заголовками выходили передовицы газеты. Отличная учеба, повышение своего образовательного уровня расценивались как важные составляющие общей борьбы с ненавистным фашизмом.